Budowę pierwszego krakowskiego klasztoru reformaci rozpoczęli w 1625 r. na Garbarach, w dawnej przemysłowej części miasta (u wylotu dzisiejszej ul. Kapucyńskiej). Ziemię kupiła dla nich Krystyna Grochowska, a królowie Zygmunt III i potem Władysław IV wydali dyplomy zatwierdzające fundację klasztoru i kościoła pod wezwaniem św. Kazimierza. Budowę klasztoru zakończono w 1640 r., ale długo mnisi w nim nie mieszkali.

Zanim jednak przeprowadzili się w nowe miejsce, minęło osiem lat. Na przeprowadzkę nie chciały się zgodzić władze Krakowa, które uważały, że w mieście jest już za wiele kościołów. Zakonników popierał jednak król Jan Kazimierz i to on wpłynął na zmianę decyzji rady miejskiej. Plac na nowy klasztor podarował reformatom kasztelan krakowski Stanisław Warszycki. Budowa trwała sześć lat (od 1666 r. do 1672 r.). W 1655 r. Stefan Czarnecki kazał budynki zburzyć i spalić, by nie utrudniać obrony Krakowa przed Szwedami. Bezdomni mnisi postanowili poszukać miejsca na drugi klasztor już w obrębie murów miejskich. Odpowiednią działkę znaleźli przy ul. Rogackiej (dziś to ul. Reformacka). Nową świątynię pod wezwaniem św. Kazimierza konsekrował 16 października 1672 r. krakowski sufragan bp Mikołaj Oborski. Głównym fundatorem kościoła był Franciszek Szembek, kasztelan kamieniecki.